A origem do São Bernardo é bastante controversa. Existem muitos teorias, todas elas muito difíceis de provar. A mais credível é aquela que confere a origem tibetana. Segundo Pierre Mégnin, o Grande Tibetano ou o Tibetano Pesado apareceu em Assíria no ano 2000 A.C..
No Museu Britânico de Londres encontra-se um baixo-relevo do século VII A.C., proveniente de um palácio de Ninive, em que aparece o Grande Tibetano: um grande cão com uma poderosa cabeça, muito forte de ossos e de grande robustez. Que se parece muito com o São Bernardo moderno, que poderia perfeitamente entrar em concursos ou exposições actualmente.
O Grande Tibetano que Marco Polo relata em 1295, quando das suas viagens, fala que na Corte do Gran de Mongol, de um cão de grande porte do tamanho de um burro, que utilizavam nas montanhas dos Himalaias como cães de guarda.

Aristóteles definiu o Grande Tibetano como o "defensor de grande potência" que lutava com um tigre. Buffón, no século XVIII, diz, ter visto um, que sentado media mais de cinco pés de altura (1,60 metros).Mais tarde em 1897, o alemão Siber escreve um livro em que descreve perfeitamente este molosso.Que nas montanhas dos Himalaias existiam grandes cães com características morfológicas e externas muito parecidas com os nossos São Bernardos. A pergunta é "como apareceu esta raça", localizada na Índia, no Médio Oriente e na Europa mais concrectamente na Suíça.
Existem duas hipóteses: No ano 280 A.C. os gauleses, povo que ocupou a Suíça entre outros territórios, apoderaram-se da Ásia Menor e trouxeram para a Europa estes enormes cães.
A outra hipótese a que assegura que o Grande Tibetano foi introduzido na Grécia e na Macedónia pelos Fenícios, dando-lhe o nome genérico de "molosso" (da região grega da Molosia), passando daí para Roma, para lutar contra tigres e leões. É fácil supôr que estes cães foram utilizados pelos romanos para vigilância dos seus acampamentos e caminhos de montanha para a conquista da Suíça. Convém no entanto recordar que os romanos chegaram aos Alpes, principalmente através do caminho do Grande São Bernardo e que ao lado do Mosteiro criaram um refúgio para as tropas em trânsito.
Alexandre Magno teve especial consideração por estes cães que os terá protegido mandando-os à frente com a infantaria. Contam que foram decisivos em muitas batalhas.
Por qualquer dos dois caminhos, o certo é que o Grande Tibetano, instalado nos vales de Aosta e Valais, deve-se ter cruzado com cães locais como o Bouviers da Suíça e com uma espécie de Mastin de raça mais forte que, segundo Búffon, habitava em Helvética, dando origem ao actual São Bernardo.
É conveniente esclarecer que os São Bernardos utilizados pelos monges nas suas tarefas de salvamento foram os de pêlo curto. E que no ano de 1830 os monges do Mosteiro, pensando que o pêlo mais comprido ajudaria os seus cães a suportar melhor as duras condições meteorógicas do caminho, cruzaram alguns São Bernardos com Mastiff alemão e Terranova, aparecendo então os São Bernardos de pêlo comprido.
Logo comprovaram que o pêlo mais comprido retinha mais contidade de neve e esta ao gelar, impedia a liberdade de movimento do cão. Assim, os monges decidiram trabalhar só com a variedade de pêlo curto e despachar os cachorros com pêlo comprido.